細胞膜に囲まれた裸の細胞で，おもにこの用語は，細胞壁を酵素処理により除去した植物の単離細胞（球状で，直径は数μm～数百μm）に対して用いられることが多い．プロトプラストは代表的なバイオテクノロジーの一つである細胞融合に用いられる．融合細胞もまた1個のプロトプラストとなり，これから雑種植物体を再生させることが可能である．そのほかに，細胞壁を持たないため，植物ウイルスの増殖機構や細胞膜の研究などにも利用されている．また，プロトプラストの運動制御やマニピュレーションなどの技術開発が行われている．