DNAの特定塩基配列を認識して，切断する酵素．元来，細菌自身のDNAは分解せずに外来のDNAを分解する細菌の自己防御機構の一つと考えられている．現在までに1000種類ほど発見されているが，切断部位の種類は60種程度である．