酵素あるいはその起源となる微生物，動・植物細胞，細胞小器官の持つ機能を利用して，有用物質やエネルギー関連物質の生産，分析，環境保全，医療などへの応用を目的とする工学．酵素の分離・精製，固定化や化学的・生化学的な修飾法による安定性など性質の改良，また，タンパク質工学の適用による酵素活性を高め，安定化をめざした高性能化に関する技術があげられる．また，酵素を利用した立体選択的な変換・合成や分析では酵素センサなどの応用の研究が進められている．