二つ以上の相互に相同でないDNA分子を連結させin vitro（試験管内に）で創出した新しいDNA配列．例えば，組換えDNA技術でベクタとして使うプラスミドの環状DNAに制限酵素を働かせると切れ目が入る．一方，遺伝子を同じ制限酵素を使ってDNA断片として切出す．つぎにDNAリガーゼによってプラスミドの切れ目の箇所に遺伝子のDNA断片を挿入すると組換えDNAができあがる．